棉子糖在自然界植物中廣泛存在，在很多蔬菜（卷心菜、花椰菜、馬鈴薯、甜菜、洋蔥等）、水果（葡萄、香蕉、獼猴桃等）、稻谷（小麥、水稻、燕麥等）一些油料作物的籽仁中（大豆、葵花籽、棉籽、花生等）都含有數(shù)量不等的棉子糖；其中棉籽仁中棉子糖的含量達(dá)4-5%。人們熟知的功能性低聚糖--大豆低聚糖中的主要功效成分之一就是棉子糖 [2]  。